Arrêt Maladie Un arrêt maladie tombe rarement au bon moment. Entre l’inquiétude liée à votre état de santé et les questions sur votre salaire, il est facile de se sentir perdu face aux démarches administratives et aux calculs d’indemnités.
Beaucoup de salariés découvrent, souvent trop tard, que leur rémunération pendant un arrêt maladie ne correspond pas à leur salaire habituel. Entre les indemnités journalières de la Sécurité sociale et le complément versé par l’employeur, le calcul peut vite devenir confus.
En bref : pendant un arrêt maladie, vous percevez des indemnités journalières (IJSS) versées par l’Assurance Maladie, généralement égales à 50 % de votre salaire journalier de base, complétées dans la plupart des cas par une indemnisation de l’employeur qui porte le total à environ 90 % de votre salaire brut pendant les premiers jours d’arrêt, sous conditions d’ancienneté.
Ce guide vous explique, étape par étape, comment fonctionne réellement le calcul de votre salaire pendant un arrêt maladie, quelles sont les règles à connaître, et comment éviter les erreurs les plus fréquentes.
Mauricette Calculette
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Feuille d’Heures Mauricette
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Comprendre le fonctionnement d’un arrêt maladie
Quand un salarié est arrêté par son médecin, son salaire habituel n’est plus versé par l’employeur de la même façon. Il est remplacé par un système à deux niveaux :
- La Sécurité sociale verse des indemnités journalières (IJSS), calculées à partir du salaire brut des mois précédents.
- L’employeur, dans la majorité des cas, complète ces indemnités pour que le salarié ne perde pas la totalité de son revenu.
Ces deux éléments ne sont pas automatiques de la même manière. Les IJSS dépendent de conditions liées à la Sécurité sociale, tandis que le complément employeur dépend du Code du travail et, souvent, de la convention collective applicable.
C’est cette superposition de règles qui rend le calcul difficile à faire soi-même sans une méthode claire.
Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS)
Les IJSS constituent la base de votre rémunération pendant un arrêt maladie. Elles sont versées par l’Assurance Maladie, sous réserve de remplir certaines conditions d’ouverture de droits (durée de travail ou montant de cotisations sur une période de référence).
Comment est calculé le salaire journalier de base ?
Le montant de l’indemnité journalière repose sur un salaire journalier de base, calculé à partir de vos salaires bruts des trois derniers mois précédant l’arrêt (ou des douze derniers mois pour les salaires irréguliers ou saisonniers).
La formule simplifiée est la suivante :
Salaire journalier de base = (Total des salaires bruts des 3 derniers mois) ÷ 91,25
L’indemnité journalière correspond ensuite à 50 % de ce salaire journalier de base, dans la limite d’un plafond fixé chaque année par la Sécurité sociale.
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Un plafond à connaître
Les IJSS ne peuvent pas dépasser un certain montant, même si votre salaire est élevé. Ce plafond est réévalué régulièrement et s’applique quel que soit votre secteur d’activité.
Voici un aperçu simplifié du mécanisme :
| Élément | Valeur |
|---|---|
| Taux d’indemnisation | 50 % du salaire journalier de base |
| Base de calcul | Salaires bruts des 3 derniers mois |
| Diviseur | 91,25 |
| Plafond | Fixé annuellement par la Sécurité sociale |
Ce montant est ensuite versé tous les 14 jours en moyenne, et non chaque mois comme un salaire classique. C’est l’une des raisons pour lesquelles beaucoup de salariés se sentent désorientés au début d’un arrêt.
Le maintien de salaire par l’employeur
Les IJSS seules représentent souvent une baisse significative de revenu. C’est pourquoi, dans de nombreux cas, l’employeur est tenu de verser un complément appelé maintien de salaire, encadré par la loi mais parfois plus favorable selon la convention collective de votre entreprise.
Conditions générales du maintien de salaire
Pour bénéficier du complément employeur, un salarié doit généralement remplir plusieurs conditions :
- justifier d’au moins un an d’ancienneté dans l’entreprise
- avoir transmis son arrêt de travail dans les délais impartis
- être pris en charge par la Sécurité sociale
- être soigné en France ou dans l’Espace économique européen
Lorsque ces conditions sont réunies, l’employeur complète les IJSS afin que le salarié touche généralement autour de 90 % de son salaire brut pendant une première période, avant que ce taux ne diminue progressivement selon l’ancienneté. Ce taux et sa durée varient fortement d’une convention collective à l’autre : certains secteurs sont bien plus généreux que le minimum légal.
Le délai de carence : ce qu’il faut savoir
Un point surprend souvent les salariés : les indemnités ne démarrent pas dès le premier jour d’arrêt.
- La Sécurité sociale applique un délai de carence de 3 jours, pendant lesquels aucune indemnité journalière n’est versée.
- L’employeur peut appliquer un délai de carence différent selon la convention collective, parfois réduit voire supprimé.
Concrètement, pour un arrêt de courte durée, une partie non négligeable du revenu peut ne pas être compensée du tout, sauf disposition plus favorable prévue par l’entreprise.
Idées reçues sur l’arrêt maladie
Certaines confusions reviennent très souvent lorsqu’il s’agit de calculer un salaire pendant un arrêt maladie.
« Je vais toucher mon salaire normal »
C’est rarement le cas. Sans complément employeur, les IJSS seules représentent environ la moitié du salaire habituel, et non son intégralité.
« Le complément employeur est automatique dès le premier jour »
Non. Il dépend de conditions d’ancienneté et d’un délai de carence propre à l’employeur, qui peut varier selon les entreprises.
« Les indemnités sont versées comme un salaire mensuel »
En réalité, les IJSS sont versées par la Sécurité sociale selon un rythme différent, souvent toutes les deux semaines, ce qui peut créer un décalage avec le versement du salaire habituel.
Exemple concret de calcul
Prenons un salarié avec un salaire brut mensuel de 2 400 €, arrêté pendant 10 jours.
| Élément | Montant estimé |
|---|---|
| Salaire journalier de base | 2 400 × 3 ÷ 91,25 ≈ 78,90 € |
| IJSS (50 %) | ≈ 39,45 €/jour |
| Jours de carence Sécurité sociale | 3 jours non indemnisés |
| Jours indemnisés par la Sécurité sociale | 7 jours |
| Total IJSS estimé | ≈ 276,15 € |

Ce montant ne représente qu’une partie de la rémunération finale. Le complément employeur, s’il est applicable, vient s’ajouter à ce total pour se rapprocher du salaire habituel. Pour affiner ce calcul, il faut maintenant regarder de plus près le barème d’ancienneté et la convention collective applicable.
Le maintien de salaire selon l’ancienneté : le barème détaillé
Le taux et la durée du maintien de salaire ne sont pas fixes. Ils augmentent progressivement avec l’ancienneté du salarié dans l’entreprise, selon un barème fixé par le Code du travail.
Voici le principe général appliqué par défaut, en l’absence de convention collective plus favorable :
| Ancienneté | Durée à 90 % | Durée à 66,66 % |
|---|---|---|
| 1 à 5 ans | 30 jours | 30 jours |
| 6 à 10 ans | 40 jours | 40 jours |
| 11 à 15 ans | 50 jours | 50 jours |
| 16 à 20 ans | 60 jours | 60 jours |
| 21 à 25 ans | 70 jours | 70 jours |
| 26 à 30 ans | 80 jours | 80 jours |
| 31 ans et plus | 90 jours | 90 jours |
Concrètement, un salarié qui vient de dépasser un an d’ancienneté touchera 90 % de son salaire brut pendant 30 jours, puis 66,66 % pendant les 30 jours suivants, si l’arrêt se prolonge. Passé ce cumul de jours indemnisés, le relais est en principe pris uniquement par les IJSS, sauf disposition plus favorable.
Ce barème se recharge sur une période de 12 mois glissants. Si vous avez déjà utilisé une partie de vos droits sur l’année écoulée, votre nouveau maintien de salaire tiendra compte de ce qui a déjà été consommé.
Pourquoi la convention collective change tout
Le barème légal n’est qu’un minimum. De nombreuses conventions collectives prévoient des conditions bien plus avantageuses : suppression du délai de carence, maintien à 100 % du salaire, ou durées d’indemnisation plus longues dès la première année d’ancienneté.
Avant de faire un calcul, il est donc essentiel d’identifier la convention collective applicable à votre contrat. Elle figure généralement :
- sur votre bulletin de salaire, en haut ou en bas de page
- dans votre contrat de travail
- dans le registre du personnel, consultable auprès de l’employeur
Deux salariés avec la même ancienneté, dans deux entreprises différentes, peuvent toucher des montants très différents pendant un arrêt maladie identique. C’est souvent l’élément le plus sous-estimé dans un calcul fait « à la main ».
Guide étape par étape pour calculer votre rémunération
Pour obtenir une estimation fiable de ce que vous allez toucher pendant un arrêt maladie, suivez ces étapes dans l’ordre.
Étape 1 : Rassemblez vos trois derniers bulletins de salaire
Le calcul des IJSS se base sur vos salaires bruts des trois mois précédant l’arrêt. Sans ces documents, impossible d’obtenir un chiffre fiable.
Étape 2 : Calculez votre salaire journalier de base
Additionnez les salaires bruts des trois derniers mois, puis divisez le total par 91,25.
Étape 3 : Appliquez le taux de 50 %
Ce résultat correspond au montant de votre indemnité journalière avant application du plafond de la Sécurité sociale.
Étape 4 : Identifiez le délai de carence applicable
Comptez 3 jours de carence pour la Sécurité sociale, puis vérifiez si votre convention collective prévoit un délai différent pour le complément employeur.
Étape 5 : Vérifiez votre ancienneté
Reportez-vous au barème d’ancienneté, légal ou conventionnel, pour connaître le taux et la durée de votre maintien de salaire.
Étape 6 : Additionnez IJSS et complément employeur
Le total obtenu représente une estimation de votre rémunération journalière pendant l’arrêt, hors éventuelles retenues sociales spécifiques.
Scénario réel : arrêt de longue durée
Prenons un salarié avec 8 ans d’ancienneté, un salaire brut mensuel de 2 800 €, arrêté pendant 45 jours.
| Période | Taux applicable | Détail |
|---|---|---|
| Jours 1 à 3 | Carence Sécurité sociale | Non indemnisés (sauf convention plus favorable) |
| Jours 4 à 40 (40 jours) | 90 % du salaire brut | Maintien employeur selon barème 6-10 ans |
| Jours 41 à 45 (5 jours) | 66,66 % du salaire brut | Début de la seconde période de maintien |

Ce type de scénario montre pourquoi un arrêt qui se prolonge change complètement le calcul. Les trois premiers jours sont perdus, la majorité de la période est bien indemnisée, mais le taux diminue automatiquement une fois le seuil des 40 jours dépassé. Sans connaître ce barème à l’avance, beaucoup de salariés sont surpris de voir leur indemnisation baisser en cours d’arrêt, alors qu’il s’agit d’un mécanisme parfaitement normal.
Comment vérifier le calcul sur votre bulletin de salaire
Pendant un arrêt maladie, votre bulletin de salaire continue d’être émis, mais sa structure change. Plusieurs lignes méritent une attention particulière Arrêt Maladie :
- Absence maladie : indique le nombre de jours ou d’heures non travaillés
- Maintien de salaire ou complément employeur : montant versé par l’entreprise
- IJSS nettes versées par la Sécurité sociale (parfois en subrogation, parfois versées directement au salarié)
Le mécanisme de la subrogation
Dans beaucoup d’entreprises, l’employeur pratique la subrogation : il continue de verser un salaire presque normal au salarié, puis se fait rembourser les IJSS directement par la Sécurité sociale.
Dans ce cas, le bulletin de salaire affiche un montant proche du salaire habituel, mais une ligne spécifique indique que l’employeur a perçu les indemnités à la place du salarié. C’est une bonne nouvelle pour la trésorerie personnelle, car cela évite d’attendre le virement de la Sécurité sociale.
Sans subrogation, le salarié touche directement Arrêt Maladie les IJSS de son côté, en plus du complément versé par l’employeur, ce qui peut créer deux virements distincts et un calcul plus difficile à suivre.
Erreurs fréquentes et bonnes pratiques
Confondre salaire net et salaire brut
Le calcul du salaire journalier de base se fait toujours sur le salaire brut, jamais sur le net. Utiliser le montant net fausse complètement l’estimation.
Oublier le plafond de la Sécurité sociale
Un salarié avec une rémunération élevée peut penser que ses IJSS suivront proportionnellement son salaire. En réalité, un plafond limite le montant, quelle que soit la rémunération de départ.
Ignorer le délai de carence de l’employeur
Certains salariés supposent que le complément employeur commence en même temps que les IJSS. Ce n’est pas systématique : la convention collective peut prévoir un délai différent, parfois plus long que celui de la Sécurité sociale.
Ne pas vérifier l’ancienneté exacte au moment de l’arrêt
L’ancienneté se calcule à la date de début de l’arrêt, et non à la date de la demande ou du certificat médical. Arrêt Maladie Une erreur de quelques semaines peut faire basculer un salarié dans une tranche différente du barème Arrêt Maladie.
Bonnes pratiques à adopter
- Conservez systématiquement vos arrêts de travail et bulletins de salaire. En cas de litige sur le montant versé, ces documents sont indispensables.
- Vérifiez votre convention collective avant de faire un calcul. Le barème légal n’est qu’un point de départ, souvent dépassé par les dispositions conventionnelles.
- Anticipez le décalage de versement des IJSS. Sans subrogation, le virement de la Sécurité sociale peut prendre plusieurs jours, voire plusieurs semaines, après le début de l’arrêt.
- Signalez tout changement de situation à votre employeur. Arrêt Maladie Une prolongation d’arrêt, un changement d’adresse ou une reprise à temps partiel thérapeutique modifie le calcul en cours de route.
Un point important pour les arrêts qui se répètent
Si vous cumulez plusieurs arrêts maladie sur une période de 12 mois, le nombre de jours déjà indemnisés à 90 % et à 66,66 % est décompté globalement, et non arrêt par arrêt. Arrêt Maladie Un salarié qui a déjà utilisé 20 jours de maintien à 90 % lors d’un premier arrêt ne repart pas de zéro pour un second arrêt survenant quelques mois plus tard. Ce point est souvent source de confusion, car chaque arrêt donne l’impression d’être un cas indépendant, alors que c’est bien le compteur sur 12 mois glissants qui détermine les droits restants.
Rechute, arrêt de longue durée et temps partiel thérapeutique
Le cas particulier de la rechute
Une rechute correspond à l’aggravation d’une pathologie déjà à l’origine d’un arrêt maladie antérieur, généralement dans un délai rapproché. Arrêt Maladie Elle se distingue d’un nouvel arrêt sans lien avec le précédent.
Cette distinction a une conséquence directe sur le calcul : en cas de rechute reconnue, le délai de carence de 3 jours de la Sécurité sociale peut être supprimé si l’arrêt initial et la rechute sont séparés de moins de 48 heures. Au-delà, la carence s’applique généralement à nouveau.
Pour le complément employeur, la rechute est traitée comme la continuité du même arrêt dans le décompte des 12 mois glissants. Arrêt Maladie Elle ne réinitialise donc pas les droits à un maintien de salaire à taux plein.
Affection de longue durée (ALD) : un régime différent
Lorsque l’arrêt est lié à une affection de longue durée reconnue par la Sécurité sociale, les règles de calcul des indemnités journalières changent sur un point essentiel : Arrêt Maladie la durée maximale d’indemnisation.
En dehors d’une ALD, les IJSS sont généralement limitées à 360 jours sur une période de 3 ans. Arrêt Maladie Dans le cadre d’une ALD, cette limite est étendue à 3 ans d’indemnisation, ce qui change complètement la perspective pour un salarié confronté à une maladie chronique ou grave.
Le taux de calcul du salaire journalier de base reste identique à celui d’un arrêt classique. C’est la durée de versement qui constitue la vraie différence, et elle mérite d’être vérifiée dès la reconnaissance du statut ALD par le médecin traitant.
Le temps partiel thérapeutique Arrêt Maladie: comment est calculé le salaire ?
Après un arrêt, certains salariés reprennent le travail à temps partiel thérapeutique, sur prescription médicale, avant un retour complet à leur poste Arrêt Maladie.
Dans cette situation, la rémunération combine deux sources :
- le salaire versé par l’employeur, calculé au prorata du temps réellement travaillé
- des indemnités journalières complémentaires, versées par la Sécurité sociale pour compenser la partie non travaillée
Le montant de ces indemnités complémentaires n’est pas automatique : Arrêt Maladie il dépend d’un accord préalable du service médical de l’Assurance Maladie, qui évalue si le maintien d’un revenu proche du salaire habituel est justifié.
Comparatif : arrêt classique vs temps partiel thérapeutique
| Élément | Arrêt maladie classique | Temps partiel thérapeutique |
|---|---|---|
| Salaire employeur | Suspendu (sauf maintien de salaire) | Versé au prorata du temps travaillé |
| IJSS | Calculées sur le salaire journalier de base | Versées en complément, sous accord médical |
| Objectif | Compenser l’absence totale | Faciliter une reprise progressive |
| Durée | Selon barème d’ancienneté | Fixée par le médecin, renouvelable |

Le traitement fiscal et social des indemnités
Un point souvent négligé : les indemnités journalières ne sont pas exonérées d’impôt dans la majorité des cas.
- Les IJSS sont soumises à la CSG et à la CRDS, à un taux réduit par rapport au salaire habituel, puis intégrées dans le revenu imposable, sauf exceptions, comme certains arrêts liés à une ALD, où une partie peut être exonérée d’impôt sur le revenu.
- Le complément employeur, lui, suit le régime social et fiscal classique du salaire, avec les cotisations habituelles.
Sur votre déclaration de revenus, les IJSS imposables sont généralement pré-remplies par l’administration fiscale à partir des données transmises par l’Assurance Maladie. Arrêt Maladie Il reste toutefois utile de vérifier la cohérence de ces montants avec vos propres relevés.
Conseils avancés pour éviter les mauvaises surprises
- Anticipez le changement de taux en cours d’arrêt. Un arrêt qui dépasse la durée à 90 % bascule automatiquement à 66,66 %, ce qui réduit le montant perçu sans nécessiter de nouvelle démarche.
- Vérifiez le statut ALD dès que possible en cas de maladie grave ou chronique. Cette reconnaissance modifie directement la durée maximale d’indemnisation.
- Demandez confirmation de la subrogation à votre service RH. Cela évite les doublons ou les oublis de versement entre l’employeur et la Sécurité sociale Arrêt Maladie.
- Gardez une trace écrite de tout accord de temps partiel thérapeutique. Ce document conditionne le versement des indemnités complémentaires.
- Ne confondez pas durée maximale d’indemnisation et durée de maintien de salaire. Ce sont deux compteurs distincts, l’un géré par Arrêt Maladie la Sécurité sociale, l’autre par l’employeur ou la convention collective.
Ce qu’il faut retenir
- Les IJSS sont partiellement soumises à l’impôt sur le revenu et aux prélèvements sociaux.
- Les indemnités journalières de la Sécurité sociale représentent en général 50 % du salaire journalier de base, dans la limite d’un plafond annuel.
- Le complément employeur porte souvent le total autour de 90 % du salaire brut, selon l’ancienneté et la convention collective applicable.
- Un délai de carence de 3 jours s’applique par défaut pour les IJSS, sauf en cas de rechute rapprochée ou de disposition plus favorable.
- Le barème de maintien de salaire évolue avec l’ancienneté et se recharge sur une période de 12 mois glissants.
- Une affection de longue durée (ALD) étend la durée maximale d’indemnisation à 3 ans.
- Le temps partiel thérapeutique combine salaire au prorata et indemnités complémentaires, sous accord médical.
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Conclusion
Calculer sa rémunération pendant un arrêt maladie demande de croiser plusieurs éléments : le salaire journalier de base, le taux des indemnités journalières, l’ancienneté, la convention collective et les délais de carence applicables. Une fois ces mécanismes compris, le montant que vous allez percevoir devient beaucoup plus prévisible.
Que votre arrêt maladie soit de courte durée, lié à une rechute, ou associé à une affection de longue durée, garder une méthode claire vous permet de vérifier vous-même vos indemnités et d’anticiper d’éventuels écarts sur votre bulletin de salaire. Arrêt Maladie En cas de doute persistant, votre service RH ou votre caisse d’Assurance Maladie reste le meilleur interlocuteur pour confirmer le calcul propre à votre situation.
FAQ
Combien de temps peut durer un arrêt maladie indemnisé ?
En dehors d’une affection de longue durée, les indemnités journalières sont versées pendant 360 jours maximum sur une période de 3 ans. En cas d’ALD, cette durée peut atteindre 3 ans d’indemnisation continue.
Est-ce que le premier jour d’arrêt maladie est payé ?
Non, dans la plupart des cas. Un délai de carence de 3 jours s’applique pour les indemnités journalières de la Sécurité sociale, sauf disposition plus favorable de la convention collective.
Comment savoir si mon entreprise pratique la subrogation ?
Il suffit de vérifier votre bulletin de salaire pendant l’arrêt, ou de vous renseigner auprès du service RH. En cas de subrogation, le salaire versé reste proche du montant habituel.
Les indemnités journalières sont-elles imposables ?
Oui, dans la majorité des cas, avec quelques exceptions pour certains arrêts liés à une affection de longue durée.
Que se passe-t-il si je n’ai pas un an d’ancienneté ?
Sans un an d’ancienneté, le maintien de salaire légal par l’employeur ne s’applique généralement pas, sauf disposition plus favorable prévue par la convention collective.
Le calcul est-il différent pour un arrêt maladie professionnel ?
Oui. Un arrêt lié à un accident du travail ou une maladie professionnelle suit des règles de calcul et d’indemnisation distinctes, souvent plus favorables dès le premier jour.
Puis-je cumuler indemnités journalières et complément employeur au même moment ?
Oui, c’est même le principe du maintien de salaire : le complément vient s’ajouter aux IJSS pour rapprocher le total du salaire habituel.
Le taux de 66,66 % s’applique-t-il automatiquement après la période à 90 % ?
Oui, dès que la durée à 90 % correspondant à votre ancienneté est dépassée, le taux bascule automatiquement, sans démarche supplémentaire de votre part.
Une rechute repousse-t-elle le délai de carence ?
Uniquement si elle survient dans les 48 heures suivant la reprise. Au-delà, un nouveau délai de carence s’applique généralement.
Comment vérifier si mon montant d’indemnités est correct ?
En reprenant le calcul à partir de vos trois derniers bulletins de salaire bruts, du taux applicable selon votre ancienneté, et en comparant le résultat avec les montants indiqués sur votre bulletin de salaire pendant l’arrêt.
